[P9-2] マトリクス実行スクリプト (run_matrix) と実行定義 YAML を追加する

[thawk105]

親イシュー: #28 / 旧 #38 を分割したうちの 1 つ（P9 系の 3 分割のうち 2/3）。
依存: #94（構造化 JSON 出力）が完了していると綺麗に実装できる。未完でも
テキスト出力のパースで暫定実装は可能なため、厳密なブロッカーではない。

現状（2026-05-15）

• マトリクス実行用のスクリプトは存在しない。トップレベルに scripts/ も
  script/ ディレクトリもなく、run_matrix.py 相当のものは皆無
  （find でヒットする Python は third_party/ 配下のみ）。
• 各プロトコル配下に旧来の bash スクリプト群 cc/<protocol>/script/*.sh
  （例: cc/silo/script/ycsb-xth.sh）はあるが、以下の理由で現行ビルドと乖離:
  • make clean; make 前提（現行は CMake ビルド）
  • ホスト名（dbs11 / chris41）ハードコード
  • grep / awk / bc でテキスト出力をパースする旧式
  • バイナリパスが旧構造（../silo.exe）。現行は build/cc/<protocol>/<workload>_<protocol>.exe
• cmake/ProtocolHelpers.cmake の ccbench_write_protocol_matrix() が
  cmake 実行時に build/PROTOCOL_MATRIX.md（プロトコル×ワークロード対応表）を
  既に自動生成している。これは「ビルド対象の一覧」であって実行オーケストレーション
  ではないが、run_matrix が「どの <workload>_<protocol>.exe が存在するか」を知る
  入力として再利用できる。
• 対象プロトコルは P7 で cc/occ/（ビルド不能で放置されていた）が撤去され、
  cicada / d2pl / ermia / mocc / mvto / oze / si / silo / ss2pl / tictoc の
  10 個。run_matrix のマトリクス定義もこの 10 個を前提にする。

やること

• scripts/run_matrix.py を作成する
  • 実行マトリクス（プロトコル × ワークロード × スレッド数 × 主要フラグ）を
    YAML で宣言的に定義する
  • 定義に従って build/cc/<protocol>/<workload>_<protocol>.exe を順次実行し、
    結果を出力ディレクトリへ保存する
  • 各 run は [P9-1] ベンチバイナリに構造化 (JSON) 出力を追加する #94 の --output-format=json --output=<dir>/<run>.json を
    使う想定（[P9-1] ベンチバイナリに構造化 (JSON) 出力を追加する #94 未完の間はテキスト出力の保存でも可）
• マトリクス定義 YAML のスキーマを決め、サンプル定義をリポジトリに置く
• バイナリ存在チェックに build/PROTOCOL_MATRIX.md を利用するか、
  build/cc/ のグロブで代替するかを決める
• docs/ に run_matrix の使い方を追記する（_ja / _en セットで）

完了条件

• scripts/run_matrix.py <matrix.yaml> がマトリクス YAML を読み込み、
  定義された全 (protocol, workload, params) の組をビルド済みバイナリで一括実行できる
• 各 run の結果が出力ディレクトリに構造化されて保存される
• マトリクス YAML のサンプルと使い方が docs 化されている

備考

• 実験の再現性向上・論文投稿時の結果引用容易化に寄与する。
• 旧 cc/<protocol>/script/*.sh を置き換える/整理するかは本イシューのスコープ外
  （必要なら別途切り出す）。