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title: "Creación de paquetes de R/Bioconductor para el análisis de metagenomas."
author: "Dra. Mirna Vázquez Rosas-Landa, Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes, M.C. Erick Cuevas Fernández"
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# Bienvenida {-}

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Les damos la bienvenida al Workshop Creación de paquetes de R/Bioconductor para el análisis de metagenomas! 

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En los últimos años la metagenómica ha cobrado una gran importancia para  el descubrimiento de nuevos grupos microorganismos y rutas metabólicas. En este taller revisaremos los métodos más recientes para analizar datos metagenómicos, usando herramientas de software libre y paquetes de R especializados que están disponibles libremente vía Bioconductor. 

Durante este taller aprenderás a reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre y revisaremos diferentes estrategias de binning y predicción metabólica. Adicionalmente, identificaremos áreas de oportunidad para el desarrollo de software en metagenómica y aprenderás los pasos para crear tus propios paquetes para generar herramientas que resuelvan estas problemáticas actuales.



## Instructores

- [Dra. Mirna Vázquez Rosas Landa](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/mirnavrl/): Investigadora en el Instituto de Ciencias de Mar y Limnología de la UNAM.
- [Dra. Joselyn Cristina Chávez Fuentes](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/josschavezf/): Estancia Postdoctoral en Icahn School of Medicine at Mount Sinai.
- [Dra. Yalbi I. Balderas-Martínez](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/yalbibalderas/): Investigadora en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.
- [M.C. Erick Cuevas Fernández](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/erickcufe/): Estudiante de Doctorado en la Universidad Nacional Autónoma de México.
- [M.C. José Antonio Ovando Ricárdez](https://comunidadbioinfo.github.io/es/authors/joseovando/): Estudiante de Doctorado en el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias Ismael Cosío Villegas.

## Ayudantes


## Temario 

Consulta el calendario de este curso en: <https://bit.ly/calendarcdsb2025>

- Día 1: Estructura general de un paquete
  - Presentación a la CDSB.
  - Plática: La última versión del árbol de la vida y la metagenómica.
  - Control de versiones con GitHub y RStudio.
  - Creando la infraestructura de un paquete.

- Día 2:  Documentación de un paquete 
  - Creando mis primeras funciones.
  - Documentación de funciones.
  - Diseño de pruebas.
  - Creación de viñetas.
  - Introducción a Conda

- Día 3: Reconstrucción de genomas
  - El grupo de datos.
  - Mapeo y Binning.
  - Asignación taxonómica.

- Día 4: Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética
  - Análisis de vías metabólicas. 
  - MEBs (Multigenomic Entropy Based Score pipeline ) 
  - Proyectos colaborativos de metagenomas.

- Día 5:
  - Proyectos colaborativos de metagenomas.
  - Presentación de proyecto.
  - Clausura.

## Patrocinadores

Agradecemos a nuestros patrocinadores:

[<img src="http://www.nnb.unam.mx/TIB2020/wp-content/uploads/sites/2/2020/03/RMB_Logo-horizontal.png" width="250px" />](https://www.redmexicanadebioinformatica.org/)

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## Licencia

Este material posee una licencia tipo Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License. 

Para conocer más sobre esta licencia, visite http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/